武警上海市总队医院创建于1948年。1982年8月由上海警备区警备师医院改编为 "武警上海市总队医院"。
1990年11月医院新院正式落成使用，医院进入了全面发展时期，已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的大型综合性“三级甲等”医院，为上海市医保定点医院，是武警医学院、皖南医学院等院校的临床教学医院。
医院医疗设备精良，功能齐全，拥有伽玛刀、核磁共振、全身螺旋CT、彩超、数字胃肠、大功率X光机、准分子激光、超声刀、钬激光碎石、高压氧舱、血液净化机等众多高精尖设备，为临床诊断和治疗提供了可靠的保证。
医院坚持“科技兴医、质量建院”方针，注重加强专科建设和人才培养，液体刀治疗技术、腹腔镜手术、烧伤救治、血液净化、妇科、不孕症治疗以及泌尿、肛肠、准分子激光、超声乳化等特色专科在上海地区有广泛影响。
医院与上海多家大医院保持联系，各科配有专家教授定期查房，并可根据需要请外院专家手术等技术指导。
在抓好医疗质量的同时，医院还十分重视精神文明建设。持续开展“岗位学雷锋，满意在医院”活动，良好的医德医风得到了就诊病人的广泛赞誉，病人满意率始终保持在95％以上。病人收治量每年以两位数的增长率持续递增。医院相继涌现出了受到武警总部表彰的党风廉政建设先进个人、巾帼建功先进个人、模范护士、优秀党员，以及上海市“三八红旗手”、“新长征突击手”、防治“非典”工作先进个人等大批先进典型，获上海市“著名专家”称号的沈观印、获上海市“高尚医德奖”提名奖的程守科，他们的先进事迹在社会上广为传颂。
医院被武警总部评为先进医院。还多次被评为市卫生系统文明单位、文明规范服务达标单位，医院还连续多年被评为上海市“军民共建先进单位”、“绿化先进单位”、爱心助老特色基地，以及市、区文明小区。进入新世纪以来，医院连续两届被评为市级文明单位。
